クローン病は、消化管全域で無作為に炎症が起こる恐れがありますが、大腸と小腸の境目付近で生じることが多いです。発症部位に応じて、大腸型、小腸型、小腸大腸型などに大別されます。

タイプによって症状に違いがありますが、下痢や腹痛、下血、血便、発熱、倦怠感、出血による貧血、体重減少などはいずれのタイプでも起こります。

潰瘍性大腸炎と比べて炎症は深部に至ることがほとんどで、腸閉塞や腸管狭窄、炎症で生じた膿が腸管を突き破ってトンネル状に伸びる瘻孔（ろうこう）、肛門潰瘍や痔ろうなどの肛門疾患も生じやすいとされています。そのため、肛門疾患をきっかけにクローン病が見つかる場合もあります。

また、全身症状が起こることもあり、皮膚炎、虹彩炎、関節炎などが挙げられます。

クローン病は、小腸など内視鏡検査が難しい部位で起こる場合もあるため、診断のためには複数の検査が必要です。

問診・診察を行ってクローン病の可能性があれば、貧血や炎症の有無などを確認するために血液検査を実施し、その後、胃カメラ検査や大腸カメラ検査で確認可能な範囲で粘膜の状態を観察し、独特の病変が見つかれば組織採取による病理検査を実施します。

小腸など内視鏡検査が難しい部位は、CT検査、MRI検査、腹部超音波検査、カプセル内視鏡などを実施することもあります。また、痔ろうや肛門周囲膿瘍などの肛門疾患をきっかけにクローン病が見つかる場合もあります。

クローン病を完治できる治療法は現時点で確立されていません。そのため、なるべく寛解期を長く保ち、発症前と遜色ない日常生活を送れるようにすることが重要です。重い症状が起こる再燃期（活動期）では、なるべく早めに症状を抑制して寛解期に戻す寛解導入療法や、寛解期でも最適な治療を継続してなるべく長く寛解期を保つ寛解維持療法を実施します。

薬物療法を基本としますが、潰瘍性大腸炎と比べて炎症が原因の消化管のダメージが大きくなりやすく、適切な治療を行うために内視鏡検査などで注意深く状態を確認しながら、炎症を制御することが重要です。

炎症が生じる部位によっては栄養の吸収に支障をきたす可能性もあり、栄養療法も重要な治療の1つです。

特定の食品の摂取によって病状の悪化・再発が起こる可能性があるため、ご自身に適した食事内容の管理をしていくことが重要です。また、炎症部位や重症度次第では外科手術を行う場合もあります。